Мембранна наукова школа (МНШ), започаткована професором, доктором хімічних наук у 80-90-х роках 20-го сторіччя. Наразі  цей науковий напрям очолює учень Брика М.Т. завідувач кафедри хімії, професор, доктор технічних наук Бурбан А.Ф. 

Наукова школа  «Програмні системи розподіленого і інтелектуального типу» (керівник проф.М.М.Глибовець)  почала розвиватись в НаУКМА з початку створення кафедри інформатики, тобто з 1995 року, проте документально це зафіксовано тільки засіданням Вченої Ради факультету інформатики НаУКМА у травні 2016 року у зв’язку проходженням ліцензування аспірантури зі спеціальності   122 – ”Комп’ютерні науки”.

Школа міжнародного права захисту прав людини (засновники –  доктор юридичних наук, проф. В.А. Василенко; доктор права, доцент М.М. Антонович, Кадровий склад: 1 д.юн., професор, 2 доктор права (Німеччина, Польща), доценти, 1 к.юн., доцент, 1 к.ю.н. також планує продовжувати низку наукових проектів, планується захист 2 докторських дисертацій.

Школа права Європейського Союзу (засновник – проф. ім. Жана Моне, проф. Петров Р.А., через (з 2010 р.)  та Центр академічної досконалості ім. Жана Моне з європейських студій (з2011 р.), а також (з 2017 р.) у співробітництві з університетами м. Гейдельберг та Аугсбург (Німеччина) продовжуватимуть виконувати низку міжнародних проектів, в т.ч за Програмою Горизонт 2020.

Києво-Могилянська школа верховенства права, яку очолює доктор юридичних наук, професор, член-кореспондент Національної академії правових наук України, суддя Конституційного Суду України у відставці  М.І. Козюбра. Школу започатковано у 2007 р.

Наукова школа «Математичні методи, моделі та інформаційні технології в дослідженні складних соціально -економічних систем та фінансово-економічних процесів на макро- та мікроекономічних рівнях» (засновник –  д-р економ. наук, проф., заслужений діяч науки і техніки України Лук’яненко І.Г) заснована в 2002 році на базі кафедри фінансів та лабораторії фінансово-економічних досліджень факультету економічних наук НаУКМА.

Школа дослідження соціальної та культурної історії України почала формуватися на кафедрі історії НаУКМА на початку 2000-х рр. Створення наукової школи зафіксовано ухвалою Вченої ради НаУКМА від 2005 р.

Історико-філософська наукова школа НаУКМА, зорієнтована на вивчення теорії та методології історико-філософського пізнання, історії світової та вітчизняної філософської думки,  почала формуватися на кафедрі філософії та релігієзнавства НаУКМА з середини  1990-х рр. Створення наукової школи зафіксовано ухвалою Вченої ради НаУКМА у 2005 р.